写在前边：好久没有写blog了，随便写点东西吧，记录一下最近的日常。

学习

测序数据回来了，感觉有点乱，看过很多文献后也大概掌握了转录组的一些讨论，找到差异基因，然后对差异基因进行GO 富集分析，来集中到自己感兴趣的地方。啥是GO富集分析？什么是前景基因？什么是背景基因？公司这数据是怎么做的啊？为啥啊？我简直就是一个小白，感觉有十万个为什么。当然，这些问题只能自己解决。

GO 的主要用途之一是对基因集进行富集分析。对我而言就是差异基因集吧~富集分析的原理基于超几何分布，看了很多教程才复现出公司的结果。以下为非模式物种的基因富集办法，R包是Y叔的Bioconductor - clusterProfiler，我找了半天没找到非模式物种的富集，看别人的教程是加了两个参数。后来突然发现自己没有看清楚函数，对着package说明书看了半天。最终算是复现了公司的分析结果，也对GO富集分析有了一些了解。

直接附上代码吧！

#设置工作路径
setwd("D:/yourpath")
#加载R包
library(clusterProfiler)
library(enrichplot)
#差异基因导入
gene_list <- read.csv('genelist', header=TRUE, stringsAsFactors = FALSE)
names(gene_list) <- c('Unigene_ID')
gene_select <- gene_list$Unigene_ID
#加载背景文件
go_anno <- read.csv('go_annotation', header=TRUE, stringsAsFactors =FALSE)
#富集分析
go_rich <- enricher(
  gene = gene_select,
  TERM2GENE = go_anno[c('GO_ID','Unigene_ID')],
  TERM2NAME = go_anno[c('GO_ID','GO_name')],
  pvalueCutoff = 0.05,
  pAdjustMethod = "fdr",
  universe = NULL,
  minGSSize = 10,
  maxGSSize = 500,
  qvalueCutoff = 0.05,
  gson = NULL
)
# 设置结果输出文件
write.csv(go_rich,"go_rich_out.csv",row.names =FALSE)
# 前30个GO_term绘制条形图
barplot(go_rich,showCategory=30)

#genlist前2行展示
head(gene_list,2)
   Unigene_ID
1 Contig_4512
2 Contig_187
#go_annotation前两行展示
head(go_anno,2)
       GO_ID   Unigene_ID                                  GO_name
1 GO:0051357 Contig_20123              protein homooligomerization
2 GO:000245 Contig_20445 voltage-gated potassium channel activity

生活

帮联陪同学打印材料啥的，请喝了一杯奶茶，奶茶是中午喝的，晚上就失眠了。每次喝奶茶都会失眠，而茶叶就不会。我以为的“棒打鲜橙”、“桂花米酒XX”这些不含那些什么成分的东西，奶茶里边有咖啡因还是茶底，我不知道，我只晓得我喝了这些玩意会失眠。最近心情和情绪平静了许多，吃饭，看文献，分析数据，看动漫。近期的动漫推荐《电锯人》，《后宫之乌》还是挺有意思的。偶尔也会把心情和情绪集中在身边的人和事情上，比如骑自行车的少年，活力满满的少女，偶有的晴空，浅浅的呼吸着空气，生活有时候也没有那么糟糕X﹏X。

杂记

突然发现不充饭卡也能直接消费，方便了很多。上次写东西是一周前了，一周没有记录了。博友也仅仅剩下一些在更新，很多减少了更新频率，可能是在努力的生活吧。等到元旦的时候把那些2年没更新的友链都去掉吧，博客对我而已的意义就是从13年开始，断断续续寻找到一个记录心情的地方。开始的时候觉得有自己的博客很酷，后来觉得自己有地方写点乱七八糟的心情真的是超级好呀。频繁记录，因为生活总需要吐槽一下啊。马上又要到年关了，这一年要总结点什么东西呢？我不知道，但肯定会写点什么乱七八糟的东西吧。对了，复现GO富集分析的时候，我好喜欢那种沉浸下来去解决一下问题的感觉啊，我总是告诉自己，别人可以我也一定可以。

每一个不曾起舞的日子都是对生命的辜负！